Обеспечение безопасности L2TP требует, чтобы транспортная среда могла обеспечить шифрование передаваемых данных, целостность сообщений и аутентификацию услуг для всего L2TP-трафика. Этот безопасный транспорт работает с пакетом L2TP в целом и функционально независим от PPP и протокола, вложенного в PPP. Как таковой, L2TP ответственен за конфиденциальность, целостность и аутентифицированность L2TP-пакетов внутри туннеля (LAC и LNS).