Порядковые номера определены в заголовке L2TP для управляющих сообщений и опционно для информационных (смотри раздел 3.1). Они используются для организации надежной транспортировки управляющих сообщений (смотри раздел 5.8) и опционно информационных сообщений. Каждый партнер поддерживает отдельную нумерацию для управляющего соединения и для каждой информационной сессии в пределах туннеля.
В отличие от канала управления L2TP, информационный канал L2TP не использует нумерацию сообщений для повторной пересылки. Скорее информационные сообщения могут использовать порядковые номера для детектирования потерь пакетов и/или восстановления исходной последовательности пакетов, которые могут быть перемешаны при транспортировке. LAC может потребовать, чтобы порядковые номера присутствовали в информационных сообщениях, посредством AVP необходимого упорядочения (смотри раздел 4.4.6). Если эта AVP присутствует при установлении сессии, порядковые номера должны присутствовать всегда. Если эта AVP отсутствует, упорядочивание сообщений находится под управлением LNS. Сервер LNS управляет разрешением и запрещением использования порядковых номеров путем посылки информационных сообщений с или без порядковых номеров на протяжении всей сессии. Таким образом, если LAC получает информационное сообщение без порядкового номера, он должен прекратить посылку сообщений с порядковыми номерами. Если LAC получает информационное сообщение с порядковым номером, он должен начать посылку информационных сообщений с порядковыми номерами. Если LNS разрешает нумерацию сообщений после предыдущего запрещения в ходе сессии, порядковые номера устанавливаются в соответствии с состоянием их последнего применения.
LNS может инициировать запрет нумерации сообщений в любое время в ходе сессии (включая первое информационное сообщение). Рекомендуется, чтобы для соединений, где возможна потеря или изменение порядка пакетов, нумерация сообщений была всегда разрешена. Запрещение нумерации возможно, только когда риск ошибки считается приемлемым. Например, если PPP-сессия при туннелировании не использует каких-либо посторонних протоколов или сжатия данных и работает только с IP (как это определено в ходе процедуры инициализации), тогда LNS может запретить нумерацию пакетов так как IP сам следит за их порядком.