Исходная конфигурация SNTP серверов и клиентов может быть произведена на основе конфигурационного файла, если такой файл имеется, или через последовательный порт. Предполагается, что SNTP серверы и клиенты практически не требуют какого-то конфигурирования, специфического для данного узла (помимо IP-адреса, маски субсети или адреса OSI NSAP).
Уникастные клиенты должны быть снабжены именем сервера или его адресом. Если используется имя сервера, то необходим один или несколько адресов ближайших DNS-серверов. Мультикастные серверы и эникастные клиенты должны снабжаться значением TTL, а также местным широковещательным или групповым мультикастным адресом. Эникастные серверы и мультикастные клиенты могут конфигурироваться с привлечением списков пар адрес-маска. Это обеспечивает контроль доступа, так что операции будут производиться только с известными клиентами или серверами. Эти серверы и клиенты должны поддерживать протокол IGMP, а также знать местный широковещательный или групповой мультикастный адрес.
Существует несколько сценариев, которые помогают обнаружить и выбрать сервер для SNTP клиента без предварительной конфигурации (IP-адрес и маска субсети предполагается известной). Для IP-субсети или сегмента LAN, содержащих работающий NTP-сервер клиент может быть сконфигурирован для мультикастного режима, используя местный широковещательный адрес. Тот же подход может быть применен для других серверов, используя групповой мультикастинг-адрес. В обоих случаях предоставление списка адресов-масок серверов является желательным.
В другом сценарии, удобном для протяженных сетей с большими задержками распространения клиенты могут конфигурироваться для эникастного режима, как на начальной фазе, так и в случае, когда выбранный уникастный источник становится недоступным. Следуя протоколу, клиент устанавливает связь с первым откликнувшимся сервером и далее продолжает обмен в уникастном режиме. В этом режиме локальные часы могут автоматически корректироваться с учетом задержки распространения.
В еще одном сценарии, удобном для любой сети, где мультикастные услуги недоступны, DNS может быть сконфигурирована с одним CNAME, аналогично time.domain.net, и списком адресных записей для серверов NTP в домене. Используя адрес time.domain.net и получив список, клиент выбирает сервер и начинает с ним работу в уникастном режиме.